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* 前提条件 [#a176d920] MPICHとかなり設定が違うので注意。 - [[NIS]]がインスト−ル済み - [[NFS>NFS/autofs]]がインスト−ル済みで/homeが共有されている． - [[rsh]]がインスト−ル済みでuserからrshが使えることが確認されている． * MPICH for ifort [#h968dc22] CentOS 5.2 * Install [#d2979a25] ./configure --prefix=/usr/local/mpich2 make make install * 環境設定 [#x475c233] * 設定 [#x475c233] ** PATH [#ke327f6b] mpich2/binにpathが通っていればOK. setenv PATH /usr/local/local/mpich2/bin ** bin/mpdbootの修正(rshを使う場合) [#oa3cff23] rshCmd = 'ssh' ↓ rshCmd = 'rsh' ** mpd.conf [#s90be690] 以下のファイルを用意 - /etc/mpd.conf - /home/XXX/.mpd.conf - 内容 secretword=<secretword> - アクセス権 chmod 600 .mpd.conf ** check [#n09cd15d] mpd & mpdtrace mpdallexit エラーが表示されなければOK ** mpd.hostsの用意 （MPICHのmachine.LINUXに相当） [#uf1ba234] 例） localhost or localhost: 2 ????? ** テスト [#v0f2c260] *** テスト mpd [#r56b56bd] mpdringtest mpdringtest 100 mpdringtest 1000 ** machine.LINUX [#zec76e6c] /usr/local/mpich/share/machine.LINUXを編集し，MPIで使用するマシン・プロセッサーを記述する．マシン名はhostnameで引ける名前にしなければならない． 例） h50:2 h50:2 h50:2 h50:2 *** テスト mpiexec [#m4d530eb] mpiexec -n 2 cpi * テスト [#m054b8f8] mpichにはテスト用プログラムが用意してあるのでそれらを make する． 但し，rshが使えるuserで実行すること． cp /usr/local/mpich/examples ./ mpireconfig Makefile make * 運用 [#lb6b2e58] ** １台で動かす [#ec5f1355] + mpd & + mpiexec -n 2 ./cpi + mpiallexit ** 複数台で動かす [#vdae7dfd] + mpdbootをノードを起動，X台で並列 -- mpdboot -f mpd.hosts -n X + mpdtraceで確認 + mpiexecでノード数を指定してジョブを実行 -- mpiexec -n 6 ./cpi --- current directoryは考慮されないので，"./"がないとエラーになる - 1,2は起動時に実施すれば，ログアウトまで実行する必要無し． mpirunコマンドを実行する - mpirun -np 1 cpi Process 0 on XXX.urban.eng.osaka-cu.ac.jp pi is approximately 3.1416009869231254, Error is 0.0000083333333323 wall clock time = 0.000000 - mpirun -np 2 cpi Process 0 on XXX.urban.eng.osaka-cu.ac.jp Process 1 on YYY.urban.eng.osaka-cu.ac.jp pi is approximately 3.1416009869231241, Error is 0.0000083333333309 wall clock time = 0.000000 - mpirun -np 3 cpi Process 0 on XXX.urban.eng.osaka-cu.ac.jp Process 1 on YYY.urban.eng.osaka-cu.ac.jp Process 2 on ZZZ.urban.eng.osaka-cu.ac.jp pi is approximately 3.1416009869231254, Error is 0.0000083333333323 wall clock time = 0.000000 * Command [#r0759908] - mpd & - mpdallexit - mpdclear - mpdtrace - mpdboot - mpiexec * Trouble [#ica22308] *** mpdboodがエラーで起動しない場合 [#e3820e61] - 以下のファイルがロックされている可能性がある．削除すると動く -- /tmp/mpd2* ** Link [#l07eee68] - [[MPICH本家:http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/]] - http://grape.c.u-tokyo.ac.jp/~moppy/archive/pc-cluster.html - http://tamatsu.dip.jp/pukiwiki/index.php?MPICH - http://junotk.exblog.jp/5303754 - http://www.softek.co.jp/SPG/Pgi/TIPS/mpich.html - http://pccluster.web.fc2.com/MPI.html - http://ameblo.jp/hamubane/entry-10165568392.html
