Nobuhito Mori
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開始行:
[[MPIを使用した並列計算のセットアップ]]
* Outline [#qdba9b45]
Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった.
* 前提条件 [#p44639f2]
"*"はクラスターの場合必要な設定
- *[[NIS]]がインスト−ル済み
- *[[NFS>NFS/autofs]]がインスト−ル済みで/homeが共有されて...
- [[rsh]]がインスト−ル済みでuserからrshが使えることが確認...
* Install [#fbaf16e5]
** make [#gcf42515]
*** Intel Compiler [#q82734b0]
./configure --prefix=/opt/mpich-3.2_intel
make
make install
*** PGI Compiler [#p7dfe4d5]
setenv CC=pgcc FC=pgfortran F77=pgfortran CXX=pgcpp CFLA...
./configure --enable-shared --with-device=ch3:nemesis --...
make
make install
- Error
-- configureでF90関係のエラーが出る場合
--- unset F90
- Reference
-- https://www.softek.co.jp/SPG/Pgi/TIPS/public/general/m...
** check [#x3fa8f96]
+ /opt/mpich3-ifort/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi
+ mpiexec -n 1 examples/cpi
+ mpiexec -n 5 examples/cpi
+ 全部動けばOK
* 設定 [#g5fbfbb4]
** PATH [#w8ab7f53]
- /opt/mpich3-ifort/binにpathが通っていればOK.
-- intel composerが優先している場合があるので注意
** check [#rb6a8e3e]
mpdtrace
エラーが表示されなければOK
** .mpd.confの用意 [#o26ed95a]
secretword=XXXXX
** テスト [#n5abe487]
*** テスト mpd [#i4ddb05c]
which mpiexec
mpdringtest
mpdringtest 100
mpdringtest 1000
* 運用 [#f5352fd2]
** 1台で動かす [#v1ed7a03]
+ mpiexec -n 2 ./cpi
+ mpiallexit
** 複数台で動かす [#lf81218d]
//+ mpdbootをノードを起動,X台で並列
//-- mpdboot -f mpd.hosts -n X
+ mpdtraceで確認
+ mpiexecでノード数を指定してジョブを実行
-- mpiexec -n 6 ./cpi
--- current directoryは考慮されないので,"./"がないとエラ...
- 1,2は起動時に実施すれば,ログアウトまで実行する必要無し.
* Command [#fdc0c24b]
- mpdallexit
- mpdclear
- mpdtrace
- mpiexec
* Trouble [#j34c921b]
*** mpdexecがエラーで起動しない場合 [#b1beac47]
.mpd.confがあるかどうかチェック
** Link [#d92378f5]
- [[MPICH本家:http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/]]
- http://pccluster.web.fc2.com/MPI.html
- http://ameblo.jp/hamubane/entry-10165568392.html
終了行:
[[MPIを使用した並列計算のセットアップ]]
* Outline [#qdba9b45]
Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった.
* 前提条件 [#p44639f2]
"*"はクラスターの場合必要な設定
- *[[NIS]]がインスト−ル済み
- *[[NFS>NFS/autofs]]がインスト−ル済みで/homeが共有されて...
- [[rsh]]がインスト−ル済みでuserからrshが使えることが確認...
* Install [#fbaf16e5]
** make [#gcf42515]
*** Intel Compiler [#q82734b0]
./configure --prefix=/opt/mpich-3.2_intel
make
make install
*** PGI Compiler [#p7dfe4d5]
setenv CC=pgcc FC=pgfortran F77=pgfortran CXX=pgcpp CFLA...
./configure --enable-shared --with-device=ch3:nemesis --...
make
make install
- Error
-- configureでF90関係のエラーが出る場合
--- unset F90
- Reference
-- https://www.softek.co.jp/SPG/Pgi/TIPS/public/general/m...
** check [#x3fa8f96]
+ /opt/mpich3-ifort/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi
+ mpiexec -n 1 examples/cpi
+ mpiexec -n 5 examples/cpi
+ 全部動けばOK
* 設定 [#g5fbfbb4]
** PATH [#w8ab7f53]
- /opt/mpich3-ifort/binにpathが通っていればOK.
-- intel composerが優先している場合があるので注意
** check [#rb6a8e3e]
mpdtrace
エラーが表示されなければOK
** .mpd.confの用意 [#o26ed95a]
secretword=XXXXX
** テスト [#n5abe487]
*** テスト mpd [#i4ddb05c]
which mpiexec
mpdringtest
mpdringtest 100
mpdringtest 1000
* 運用 [#f5352fd2]
** 1台で動かす [#v1ed7a03]
+ mpiexec -n 2 ./cpi
+ mpiallexit
** 複数台で動かす [#lf81218d]
//+ mpdbootをノードを起動,X台で並列
//-- mpdboot -f mpd.hosts -n X
+ mpdtraceで確認
+ mpiexecでノード数を指定してジョブを実行
-- mpiexec -n 6 ./cpi
--- current directoryは考慮されないので,"./"がないとエラ...
- 1,2は起動時に実施すれば,ログアウトまで実行する必要無し.
* Command [#fdc0c24b]
- mpdallexit
- mpdclear
- mpdtrace
- mpiexec
* Trouble [#j34c921b]
*** mpdexecがエラーで起動しない場合 [#b1beac47]
.mpd.confがあるかどうかチェック
** Link [#d92378f5]
- [[MPICH本家:http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/]]
- http://pccluster.web.fc2.com/MPI.html
- http://ameblo.jp/hamubane/entry-10165568392.html
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