Nobuhito Mori
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Start:
[[MPIを使用した並列計算のセットアップ]]
* Outline [#l41378de]
//Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった
* 前提条件 [#fc4e812a]
"*"はクラスターの場合必要な設定
- *[[NIS]]がインスト−ル済み
- *[[NFS>NFS/autofs]]がインスト−ル済みで/homeが共有されて...
- [[rsh]]がインスト−ル済みでuserからrshが使えることが確認...
* Install [#f19028b3]
** make [#z160f44b]
./configure --prefix=/opt/mpich2-intel
make
make install
** check [#of866954]
+ mpd &
+ /opt/mpich2-intel/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi
+ mpiexec -n 1 examples/cpi
+ mpiexec -n 5 examples/cpi
OK
* 設定 [#y7ab023d]
** PATH [#l45a84d6]
- /opt/mpich2-ifort/binにpathが通っていればOK.
-- intel composerが勇戦している場合があるので注意
** check [#zfd236dd]
mpdboot
mpdtrace
mpdallexit
エラーが表示されなければOK
** .mpd.confの用意 [#ue9022ef]
secretword=XXXXX
** mpd.hostsの用意 （MPICHのmachine.LINUXに相当） [#gb62...
例）
localhost
or
localhost: 2 ?????
** テスト [#o6c9233b]
*** テスト mpd [#j748db85]
which mpiexec
mpdringtest
mpdringtest 100
mpdringtest 1000
* 運用 [#x4c38fe7]
** １台で動かす [#h6c31acb]
+ mpiexec -n 2 ./cpi
+ mpiallexit
** 複数台で動かす [#h8f3dd98]
+ mpdbootをノードを起動，X台で並列
-- mpdboot -f mpd.hosts -n X
+ mpdtraceで確認
+ mpiexecでノード数を指定してジョブを実行
-- mpiexec -n 6 ./cpi
--- current directoryは考慮されないので，"./"がないとエラ...
- 1,2は起動時に実施すれば，ログアウトまで実行する必要無し．
* Command [#oc5f33c1]
- mpd &
- mpdallexit
- mpdclear
- mpdtrace
- mpdboot
- mpiexec
* Trouble [#l6a4932a]
*** mpdexecがエラーで起動しない場合 [#wcd521f5]
.mpd.confがあるかどうかチェック
*** mpdbootがエラーで起動しない場合 [#g4fa9250]
- 以下のファイルがロックされている可能性がある．削除する...
-- /tmp/mpd2*
** Link [#x71152ee]
- [[MPICH本家:http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/]]
- http://pccluster.web.fc2.com/MPI.html
- http://ameblo.jp/hamubane/entry-10165568392.html
End:
[[MPIを使用した並列計算のセットアップ]]
* Outline [#l41378de]
//Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった
* 前提条件 [#fc4e812a]
"*"はクラスターの場合必要な設定
- *[[NIS]]がインスト−ル済み
- *[[NFS>NFS/autofs]]がインスト−ル済みで/homeが共有されて...
- [[rsh]]がインスト−ル済みでuserからrshが使えることが確認...
* Install [#f19028b3]
** make [#z160f44b]
./configure --prefix=/opt/mpich2-intel
make
make install
** check [#of866954]
+ mpd &
+ /opt/mpich2-intel/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi
+ mpiexec -n 1 examples/cpi
+ mpiexec -n 5 examples/cpi
OK
* 設定 [#y7ab023d]
** PATH [#l45a84d6]
- /opt/mpich2-ifort/binにpathが通っていればOK.
-- intel composerが勇戦している場合があるので注意
** check [#zfd236dd]
mpdboot
mpdtrace
mpdallexit
エラーが表示されなければOK
** .mpd.confの用意 [#ue9022ef]
secretword=XXXXX
** mpd.hostsの用意 （MPICHのmachine.LINUXに相当） [#gb62...
例）
localhost
or
localhost: 2 ?????
** テスト [#o6c9233b]
*** テスト mpd [#j748db85]
which mpiexec
mpdringtest
mpdringtest 100
mpdringtest 1000
* 運用 [#x4c38fe7]
** １台で動かす [#h6c31acb]
+ mpiexec -n 2 ./cpi
+ mpiallexit
** 複数台で動かす [#h8f3dd98]
+ mpdbootをノードを起動，X台で並列
-- mpdboot -f mpd.hosts -n X
+ mpdtraceで確認
+ mpiexecでノード数を指定してジョブを実行
-- mpiexec -n 6 ./cpi
--- current directoryは考慮されないので，"./"がないとエラ...
- 1,2は起動時に実施すれば，ログアウトまで実行する必要無し．
* Command [#oc5f33c1]
- mpd &
- mpdallexit
- mpdclear
- mpdtrace
- mpdboot
- mpiexec
* Trouble [#l6a4932a]
*** mpdexecがエラーで起動しない場合 [#wcd521f5]
.mpd.confがあるかどうかチェック
*** mpdbootがエラーで起動しない場合 [#g4fa9250]
- 以下のファイルがロックされている可能性がある．削除する...
-- /tmp/mpd2*
** Link [#x71152ee]
- [[MPICH本家:http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/]]
- http://pccluster.web.fc2.com/MPI.html
- http://ameblo.jp/hamubane/entry-10165568392.html
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