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MPICH2 hydra

[[MPIを使用した並列計算のセットアップ]]

* Outline [#l41378de]
Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった
//Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった

* 前提条件 [#fc4e812a]
"*"はクラスターの場合必要な設定
- *[[NIS]]がインスト−ル済み
- *[[NFS>NFS/autofs]]がインスト−ル済みで/homeが共有されている．
- [[rsh]]がインスト−ル済みでuserからrshが使えることが確認されている．

* Install [#f19028b3]
** make [#z160f44b]
 ./configure --prefix=/opt/mpich2-ifort
 ./configure --prefix=/opt/mpich2-intel
 make
 make install
** check [#of866954]
+ /opt/mpich2-ifort/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi
+ mpd &
+ /opt/mpich2-intel/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi
+ mpiexec -n 1 examples/cpi
+ mpiexec -n 5 examples/cpi
OK


* 設定 [#y7ab023d]
** PATH [#l45a84d6]
- /opt/mpich2-ifort/binにpathが通っていればOK.
-- intel composerが勇戦している場合があるので注意

** check [#zfd236dd]
 mpdboot
 mpdtrace
 mpdallexit
エラーが表示されなければOK

** .mpd.confの用意 [#ue9022ef]
 secretword=XXXXX

** mpd.hostsの用意　（MPICHのmachine.LINUXに相当） [#gb6248e2]
例）
 localhost
 or
 localhost: 2 ?????

** テスト [#o6c9233b]
*** テスト mpd [#j748db85]
 which mpiexec
 mpdringtest
 mpdringtest 100
 mpdringtest 1000



* 運用 [#x4c38fe7]
** １台で動かす [#h6c31acb]
+ mpiexec -n 2 ./cpi
+ mpiallexit
** 複数台で動かす [#h8f3dd98]
+ mpdbootをノードを起動，X台で並列
--  mpdboot -f mpd.hosts -n X
+ mpdtraceで確認
+ mpiexecでノード数を指定してジョブを実行
-- mpiexec -n 6 ./cpi
--- current directoryは考慮されないので，"./"がないとエラーになる
- 1,2は起動時に実施すれば，ログアウトまで実行する必要無し．

* Command [#oc5f33c1]
- mpd &
- mpdallexit
- mpdclear
- mpdtrace
- mpdboot
- mpiexec


* Trouble [#l6a4932a]
*** mpdexecがエラーで起動しない場合 [#wcd521f5]
.mpd.confがあるかどうかチェック

*** mpdbootがエラーで起動しない場合 [#g4fa9250]
- 以下のファイルがロックされている可能性がある．削除すると動く
-- /tmp/mpd2* 


** Link [#x71152ee]
- [[MPICH本家:http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/]]

- http://pccluster.web.fc2.com/MPI.html
- http://ameblo.jp/hamubane/entry-10165568392.html