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MPICH2 hydra
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[[MPIを使用した並列計算のセットアップ]] * Outline [#l41378de] Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった //Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった * 前提条件 [#fc4e812a] "*"はクラスターの場合必要な設定 - *[[NIS]]がインスト−ル済み - *[[NFS>NFS/autofs]]がインスト−ル済みで/homeが共有されている. - [[rsh]]がインスト−ル済みでuserからrshが使えることが確認されている. * Install [#f19028b3] ** make [#z160f44b] ./configure --prefix=/opt/mpich2-ifort ./configure --prefix=/opt/mpich2-intel make make install ** check [#of866954] + /opt/mpich2-ifort/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi + mpd & + /opt/mpich2-intel/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi + mpiexec -n 1 examples/cpi + mpiexec -n 5 examples/cpi OK * 設定 [#y7ab023d] ** PATH [#l45a84d6] - /opt/mpich2-ifort/binにpathが通っていればOK. -- intel composerが勇戦している場合があるので注意 ** check [#zfd236dd] mpdboot mpdtrace mpdallexit エラーが表示されなければOK ** .mpd.confの用意 [#ue9022ef] secretword=XXXXX ** mpd.hostsの用意 (MPICHのmachine.LINUXに相当) [#gb6248e2] 例) localhost or localhost: 2 ????? ** テスト [#o6c9233b] *** テスト mpd [#j748db85] which mpiexec mpdringtest mpdringtest 100 mpdringtest 1000 * 運用 [#x4c38fe7] ** 1台で動かす [#h6c31acb] + mpiexec -n 2 ./cpi + mpiallexit ** 複数台で動かす [#h8f3dd98] + mpdbootをノードを起動,X台で並列 -- mpdboot -f mpd.hosts -n X + mpdtraceで確認 + mpiexecでノード数を指定してジョブを実行 -- mpiexec -n 6 ./cpi --- current directoryは考慮されないので,"./"がないとエラーになる - 1,2は起動時に実施すれば,ログアウトまで実行する必要無し. * Command [#oc5f33c1] - mpd & - mpdallexit - mpdclear - mpdtrace - mpdboot - mpiexec * Trouble [#l6a4932a] *** mpdexecがエラーで起動しない場合 [#wcd521f5] .mpd.confがあるかどうかチェック *** mpdbootがエラーで起動しない場合 [#g4fa9250] - 以下のファイルがロックされている可能性がある.削除すると動く -- /tmp/mpd2* ** Link [#x71152ee] - [[MPICH本家:http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/]] - http://pccluster.web.fc2.com/MPI.html - http://ameblo.jp/hamubane/entry-10165568392.html