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MPIを使用した並列計算のセットアップ

Outline †

Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった

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前提条件 †

"*"はクラスターの場合必要な設定

  • *NISがインスト−ル済み
  • *NFSがインスト−ル済みで/homeが共有されている．
  • rshがインスト−ル済みでuserからrshが使えることが確認されている．
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Install †

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make †

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Intel Compiler †

./configure --prefix=/opt/mpich3-ifort
make
make install
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PGI Compiler †

setenv CC=pgcc FC=pgfortran F77=pgfortran CXX=pgcpp CFLAGS=-fast FCFLAGS=-fast  FFLAGS=-fast CXXFLAGS=-fast MPICH2LIB_LDFLAGS=-pgf90libs 
./configure --enable-shared --with-device=ch3:nemesis --prefix=/opt/mpich3-pgi
make
make install
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check †

  1. /opt/mpich3-ifort/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi
  2. mpiexec -n 1 examples/cpi
  3. mpiexec -n 5 examples/cpi OK
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設定 †

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PATH †

  • /opt/mpich2-ifort/binにpathが通っていればOK.
    • intel composerが優先している場合があるので注意
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check †

mpdtrace

エラーが表示されなければOK

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.mpd.confの用意 †

secretword=XXXXX
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テスト †

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テスト mpd †

which mpiexec
mpdringtest
mpdringtest 100
mpdringtest 1000
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運用 †

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１台で動かす †

  1. mpiexec -n 2 ./cpi
  2. mpiallexit
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複数台で動かす †

  1. mpdtraceで確認
  2. mpiexecでノード数を指定してジョブを実行
    • mpiexec -n 6 ./cpi
      • current directoryは考慮されないので，"./"がないとエラーになる
  • 1,2は起動時に実施すれば，ログアウトまで実行する必要無し．
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Command †

  • mpdallexit
  • mpdclear
  • mpdtrace
  • mpiexec
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Trouble †

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mpdexecがエラーで起動しない場合 †

.mpd.confがあるかどうかチェック

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Link †