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[[MPIを使用した並列計算のセットアップ]] * Outline [#qdba9b45] Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった． * 前提条件 [#p44639f2] "*"はクラスターの場合必要な設定 - *[[NIS]]がインスト−ル済み - *[[NFS>NFS/autofs]]がインスト−ル済みで/homeが共有されている． - [[rsh]]がインスト−ル済みでuserからrshが使えることが確認されている． * Install [#fbaf16e5] ** make [#t90a4943] ./configure --prefix=/opt/mpich2-ifort ** make [#gcf42515] *** Intel Compiler [#q82734b0] ./configure --prefix=/opt/mpich-3.2_intel make make install *** PGI Compiler [#p7dfe4d5] setenv CC=pgcc FC=pgfortran F77=pgfortran CXX=pgcpp CFLAGS=-fast FCFLAGS=-fast FFLAGS=-fast CXXFLAGS=-fast MPICH2LIB_LDFLAGS=-pgf90libs ./configure --enable-shared --with-device=ch3:nemesis --prefix=/opt/mpich-3.2_pgi make make install - Error -- configureでF90関係のエラーが出る場合 --- unset F90 - Reference -- https://www.softek.co.jp/SPG/Pgi/TIPS/public/general/mpich2_install2.html ** check [#x3fa8f96] + /opt/mpich2-ifort/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi + /opt/mpich3-ifort/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi + mpiexec -n 1 examples/cpi + mpiexec -n 5 examples/cpi OK + 全部動けばOK * 設定 [#g5fbfbb4] ** PATH [#w8ab7f53] - /opt/mpich2-ifort/binにpathが通っていればOK. -- intel composerが勇戦している場合があるので注意 - /opt/mpich3-ifort/binにpathが通っていればOK. -- intel composerが優先している場合があるので注意 ** check [#rb6a8e3e] mpdboot mpdtrace mpdallexit エラーが表示されなければOK ** .mpd.confの用意 [#o26ed95a] secretword=XXXXX ** mpd.hostsの用意 （MPICHのmachine.LINUXに相当） [#t14692bf] 例） localhost or localhost: 2 ????? ** テスト [#n5abe487] *** テスト mpd [#i4ddb05c] which mpiexec mpdringtest mpdringtest 100 mpdringtest 1000 * 運用 [#f5352fd2] ** １台で動かす [#v1ed7a03] + mpiexec -n 2 ./cpi + mpiallexit ** 複数台で動かす [#lf81218d] + mpdbootをノードを起動，X台で並列 -- mpdboot -f mpd.hosts -n X //+ mpdbootをノードを起動，X台で並列 //-- mpdboot -f mpd.hosts -n X + mpdtraceで確認 + mpiexecでノード数を指定してジョブを実行 -- mpiexec -n 6 ./cpi --- current directoryは考慮されないので，"./"がないとエラーになる - 1,2は起動時に実施すれば，ログアウトまで実行する必要無し． * Command [#fdc0c24b] - mpd & - mpdallexit - mpdclear - mpdtrace - mpdboot - mpiexec * Trouble [#j34c921b] *** mpdexecがエラーで起動しない場合 [#b1beac47] .mpd.confがあるかどうかチェック *** mpdbootがエラーで起動しない場合 [#c7dae648] - 以下のファイルがロックされている可能性がある．削除すると動く -- /tmp/mpd2* ** Link [#d92378f5] - [[MPICH本家:http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/]] - http://pccluster.web.fc2.com/MPI.html - http://ameblo.jp/hamubane/entry-10165568392.html
