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MPICH3

MPIを使用した並列計算のセットアップ

Outline

Version 3.0以降はmpdbootが必要ではなくなった.

前提条件

"*"はクラスターの場合必要な設定

  • *NISがインスト−ル済み
  • *NFSがインスト−ル済みで/homeが共有されている.
  • rshがインスト−ル済みでuserからrshが使えることが確認されている.

Install

make

Intel Compiler

./configure --prefix=/opt/mpich-3.2_intel
make
make install

PGI Compiler

setenv CC=pgcc FC=pgfortran F77=pgfortran CXX=pgcpp CFLAGS=-fast FCFLAGS=-fast  FFLAGS=-fast CXXFLAGS=-fast MPICH2LIB_LDFLAGS=-pgf90libs 
./configure --enable-shared --with-device=ch3:nemesis --prefix=/opt/mpich-3.2_pgi
make
make install

check

  1. /opt/mpich3-ifort/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi
  2. mpiexec -n 1 examples/cpi
  3. mpiexec -n 5 examples/cpi
  4. 全部動けばOK

設定

PATH

  • /opt/mpich3-ifort/binにpathが通っていればOK.
    • intel composerが優先している場合があるので注意

check

mpdtrace

エラーが表示されなければOK

.mpd.confの用意

secretword=XXXXX

テスト

テスト mpd

which mpiexec
mpdringtest
mpdringtest 100
mpdringtest 1000

運用

1台で動かす

  1. mpiexec -n 2 ./cpi
  2. mpiallexit

複数台で動かす

  1. mpdtraceで確認
  2. mpiexecでノード数を指定してジョブを実行
    • mpiexec -n 6 ./cpi
      • current directoryは考慮されないので,"./"がないとエラーになる
  • 1,2は起動時に実施すれば,ログアウトまで実行する必要無し.

Command

  • mpdallexit
  • mpdclear
  • mpdtrace
  • mpiexec

Trouble

mpdexecがエラーで起動しない場合

.mpd.confがあるかどうかチェック

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