Navigation : Top / MPICH2 hydra

MPICH2 hydra

MPIを使用した並列計算のセットアップ

Outline

前提条件

"*"はクラスターの場合必要な設定

  • *NISがインスト−ル済み
  • *NFSがインスト−ル済みで/homeが共有されている.
  • rshがインスト−ル済みでuserからrshが使えることが確認されている.

Install

make

./configure --prefix=/opt/mpich2-intel
make
make install

check

  1. mpd &
  2. /opt/mpich2-intel/bin/mpiexec -n 1 examples/cpi
  3. mpiexec -n 1 examples/cpi
  4. mpiexec -n 5 examples/cpi OK

設定

PATH

  • /opt/mpich2-ifort/binにpathが通っていればOK.
    • intel composerが勇戦している場合があるので注意

check

mpdboot
mpdtrace
mpdallexit

エラーが表示されなければOK

.mpd.confの用意

secretword=XXXXX

mpd.hostsの用意 (MPICHのmachine.LINUXに相当)

例)

localhost
or
localhost: 2 ?????

テスト

テスト mpd

which mpiexec
mpdringtest
mpdringtest 100
mpdringtest 1000

運用

1台で動かす

  1. mpiexec -n 2 ./cpi
  2. mpiallexit

複数台で動かす

  1. mpdbootをノードを起動,X台で並列
    • mpdboot -f mpd.hosts -n X
  2. mpdtraceで確認
  3. mpiexecでノード数を指定してジョブを実行
    • mpiexec -n 6 ./cpi
      • current directoryは考慮されないので,"./"がないとエラーになる
  • 1,2は起動時に実施すれば,ログアウトまで実行する必要無し.

Command

  • mpd &
  • mpdallexit
  • mpdclear
  • mpdtrace
  • mpdboot
  • mpiexec

Trouble

mpdexecがエラーで起動しない場合

.mpd.confがあるかどうかチェック

mpdbootがエラーで起動しない場合

  • 以下のファイルがロックされている可能性がある.削除すると動く
    • /tmp/mpd2*

Link