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mexncおよびsnctoolsのインストール

Linuxの場合

2013a

ダウンロード

インストール

伸長して適当なところにおいてパスを通す.

  1. addpath for mexnc and snctools
    • startup.m
       '/home/mori/src/matlab/snctools:', ...
       '/home/mori/src/matlab/snctools/classes:', ...
       '/home/mori/src/matlab/mexnc:', ...
  2. addpath for jar files
    • startup.m
       javaaddpath('/home/mori/src/matlab/classes/netcdfAll-4.6.6.jar')
       javaaddpath('/home/mori/src/matlab/classes/toolsUI-4.6.6.jar')
       setpref('SNCTOOLS','USE_JAVA',false);
       -> trueにしたらエラーになった??? インストール失敗

TEST

  • mexnc/mexnc/tests
    • test_mexnc.m
  • mexnc/snctools/tests
    • run_snctools_tests.m

2009b

ダウンロード

インストール

  • 伸長して適当なところにおいてパスを通す.
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\mexnc
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\ncsource
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\nctype
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\ncutility
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\snctools
  • NetCDF JAVA
    • startup.m
       javaaddpath('/home/mori/src/matlab/classes/netcdfAll-4.0.jar')
       javaaddpath('/home/mori/src/matlab/classes/toolsUI-4.0.jar')
       setpref('SNCTOOLS','USE_JAVA',false);
       -> trueにしたらエラーになった??? インストール失敗

TEST

  • mexnc/mexnc/test
    • test_mexnc
  • mexnc/snctools/test
    • test_snctool

2008b

2008bからエンジン(DLL)はMATLABの本体を使用する.このため,インストールがとても簡単になった.

ダウンロード

インストール

  • 伸長して適当なところにおいてパスを通す.
    • mexnc
      	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf
      	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\mexnc
      	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox
      	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf
      	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\ncsource
      	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\nctype
      	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\ncutility
      	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\snctools
    • OPeNDAP
      • startup.m
         javaaddpath('/home/mori/src/matlab/classes/toolsUI-2.2.2.jar')
  • 確認
    >> setpref('SNCTOOLS','PRESERVE_FVD',true); <- 配列のオーダーが変わった(デフォルト)
    or
    >> setpref('SNCTOOLS','PRESERVE_FVD',false); <- 配列のオーダーを昔に
    >> nc_dump('example.nc')
    netcdf example.nc { 
    
    dimensions:
    	x = 50 ;
    	y = 50 ;
    	z = 5 ;
    	t = UNLIMITED ; (0 currently)
    
    
    variables:
    	double avagadros_number([]), shape = [1]
    		avagadros_number:description = "this variable has no dimensions" 
    	short temperature(x), shape = [50]
    		temperature:scale_factor = 1.8 
    		temperature:add_offset = 32 
    		temperature:units = "degrees_fahrenheit" 
    		temperature:description = "F = 9/5*C + 32" 
    	float peaks(x,y), shape = [50 50]
    		peaks:description = "z = peaks(50);" 
    	long time_series(z,t), shape = [5 0]
    		time_series:description = "this variable has an unlimited  dimension" 
    
    
    //global attributes:
    		:creation_date = "09-Jun-2008" 

2007b

ダウンロード

http://mexcdf.sourceforge.net

  1. mexcdf.tar.gz をダウンロード
  2. snctools-X.zip をダウンロード
  3. netcdf_toolbox-1.XX.tar.gzをダウンロード

mexncのインストール

  • mexcdf.tar.gzを解凍し、mexncの下にあるmakefileをコンパイルする.
  • ifortの環境ではmexopts.shに以下の変更が必要
    CC='icc'    
    NETCDF="/usr/local/netcdf-ifort"
  • mexncを生成.
    • make -f makefile
  • test
    >> mexnc ( 'STRERROR', 0 )
    ans =
    No error
    ! 注意) 環境に合わせてmexopt.sh(サンプル)の編集が必要
    • tests/test_mexnc.mを実施して,動作確認

snctoolsのインストール

  • unzip snctools-X.zip
  • pathを定義する.
  • tests/test_snctoos.mを実施して,動作確認

mexcdf and snctoolsの仕上げ

  • UnidataからtoolsUI version 2.2.18 (don't use 4.0)をダウンロード.
    >> javaaddpath ( '/home/jevans/matlab/classes/toolsUI-2.2.22.jar' ) ; 
    >> setpref ( 'SNCTOOLS', 'USE_JAVA', true ); % this requires SNCTOOLS 2.4.8 or 
  • USGS作成のマニュアル
  • C:\MATLAB\R2007b\toolbox\local/classpath.txt にtoolsUI-2.2.22.jarを追加

NetCDF Toolboxのインストール

  • netcdf_toolbox-1.XX.tar.gzを解凍し以下のディレクトリーにパスを通す.
  • addpath /path/to/wherever/you/installed/this/netcdf
  • addpath /path/to/wherever/you/installed/this/netcdf/nctype
  • addpath /path/to/wherever/you/installed/this/netcdf/ncutility

Windows

2009b以降

ダウンロード

インストール

  • 伸長して適当なところにおいてパスを通す.
    	C:\MATLAB\mexcdf\mexnc
    	C:\MATLAB\mexcdf\snctools
  • NetCDF JAVA
    • netcdfAll-4.0.jarをC:\MATLAB\R2009a\java\jarにおく
       javaaddpath netcdfAl-4.x.jar
       setpref('SNCTOOLS','USE_JAVA',true);

TEST

  • C:\MATLAB\mexcdf\snctools\test
    • test_snctool
      	Testing OPeNDAP...
      		java http testing filtered out when SNCTOOLS 'TEST_REMOTE' preference is false.
      	Testing GRIB...
      		Testing NC_ATTGET...OK
      		Testing NC_DUMP ...OK
      		Testing NC_VARGET ...  OK
      
      All  possible tests for your configuration have been run.
      
      If this is the first time you have run SNCTOOLS, then you should
      know that several preferences have been set.
      
      ans = 
      
            TEST_HDF4: 0
             USE_JAVA: 1
            USE_MEXNC: 0
         PRESERVE_FVD: 0
          TEST_REMOTE: 0
           TEST_GRIB2: 0
            TEST_HTTP: 0
         TEST_OPENDAP: 0
      OPeNDAPは動かなかった.『設定』でproxyを設定したが通っていない.????

2007b

ダウンロード

http://mexcdf.sourceforge.net

  1. mexcdf.tar.gz をダウンロード
    • 2.0.xのバージョンからLinux/Windows等すべて共通のファイルになった.
  2. snctools-X.zip をダウンロード
  3. netcdf_toolbox-1.XX.tar.gzをダウンロード
    • 過去のプログラムとの互換性維持のためインストールしておく
  4. netcdf-javaのtoolsUI.jarをダウンロード

mexncのインストール

  • mexcdf.tar.gzを解凍する
  • netcdf.dllをmatlabのbinにおく
    • 例)C:\Program Files\MATLAB\R2007b\bin
  • mexncをmatlabのパスの通る場所におく
    • 例)C:\Users\mori\src\matlab\matlab_public\netcdf
    • mexcdfをaddpathする
    • tests/test_mexnc.mを実施して,動作確認
      • この時点ではjavaの設定をしていないので一部エラーが出る.
        >> mexnc ( 'STRERROR', 0 )
        ans =
        No error

snctoolsのインストール

解凍してパスを通すだけ

  • unzip snctools-X.zip
  • pathを定義する.
  • tests/test_snctoos.mを実施して,動作確認

toolsUIのインストール

  • UnidataからtoolsUI version 2.2.18 (don't use 4.0)をダウンロード.
    >> javaaddpath ( 'C:\MATLAB\R2007b\java\jar\toolsUI-2.2.22.jar' ) ; 
    >> setpref ( 'SNCTOOLS', 'USE_JAVA', true ); % this requires SNCTOOLS 2.4.3 or better
  • もう一度テストする
    • tests/test_mexnc.mを実施して,Java関係の動作確認

NetCDF Toolboxのインストール

startup.mに以下を記述する。

addpath /usr/local/matlab7/toolbox/mexnc
addpath /usr/local/matlab7/toolbox/netcdf_toolbox
addpath /usr/local/matlab7/toolbox/netcdf_toolbox/nctype
addpath /usr/local/matlab7/toolbox/netcdf_toolbox/ncutility

matlabを起動し、mexnc/test/test_mexnxを実行するとテストプログラムが起動する。 ちゃんと起動したら、正しくインストールされたことになる。

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