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Sun Grid Engine

利用方法

  • jobの投入
    • qsub XXX.sh
  • jobの状態を表示
    • qstat  (自分のだけ)
    • qstat -f (全プロセス)
  • jobを削除
    • qsub XXX (job番号XXXを削除)
  • hostの情報を表示
    • qhost

SGEでMPICH2を使う

  • コマンドラインでmpdをboot
    mpdboot -n XXX(number of nodes) -f ~/mpd.hosts

シェルの例1

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -cwd
#$ -pe mpich 16
#$ -o run.log
export MPICH2_HOME=/opt/mpich2-intel
export MPICH2_BIN=$MPICH2_HOME/bin
export MPICH2_CONF="$HOME/mpd.hosts"
export APP="/home/mori/bin/cpi"
$MPICH2_BIN/mpiexec -n 16 -machinefile $MPICH2_CONF $APP

シェルの例2

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -cwd
#$ -pe mpich 16
#$ -o run.log
#$ -j y
export MPICH2_HOME=/opt/mpich2-intel
export MPICH2_BIN=$MPICH2_HOME/bin
export MPICH2_CONF="$HOME/mpd.hosts"
export APP="/home/mori/bin/cpi"
# start mpd
$MPICH2_BIN/mpdboot -n "$NHOSTS" -f "MPICH2_CONF"
$MPICH2_BIN/mpiexec -n 16 -machinefile $MPICH2_CONF $APP
# stop mpd
jobs=`$MPICH2_BIN/mpdlistjobs`
if [ X"$jobs" = X ]; then
        $MPICH2_BIN/mpdallexit
fi

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